بر اساس گزارش‌های منتشر شده، یحیی گل‌محمدی در نیمه دوم دی‌ماه سال ۱۳۹۸ به تیم پرسپولیس بازگشت و جایگزین گابریل کالدرون به عنوان سرمربی این تیم شد. در آن زمان، کریم باقری به عنوان یکی از اعضای کادر فنی پرسپولیس فعالیت می‌کرد و شایعاتی درباره احتمال جدایی او از تیم مطرح شده بود. این شایعات توسط کریم باقری در مصاحبه‌ای اختصاصی با خبرورزشی در تاریخ ۲۴ دی‌ماه سال ۹۸ پاسخ داده شد. در ادامه، خلاصه‌ای از صحبت‌های او را مرور می‌کنیم:
– باقری درباره ماندن یا رفتنش از پرسپولیس گفت: «این موضوع به تصمیم کادر فنی جدید بستگی دارد. آنها باید نظر خود را اعلام کنند که آیا مایل به همکاری با من هستند یا خیر. اگر بخواهند، با تمام وجود برای پرسپولیس تلاش خواهم کرد، اما اگر نخواهند، همچنان به عنوان یک طرفدار از کادر فنی و تیم پرسپولیس حمایت خواهم کرد.»
– او همچنین افزود: «ماندن یا رفتن من به تصمیم شخصی من مربوط نیست، چرا که حالا یک سرمربی جدید آمده و این حق اوست که افراد مورد نظر خود را انتخاب کند.»
– در مورد شایعات استعفای او از پرسپولیس، باقری تأکید کرد: «این شایعات کاملاً نادرست است. اما همان‌طور که گفتم، اگر یحیی گل‌محمدی تمایلی به همکاری با من نداشته باشد، مشکلی نیست و کنار خواهم رفت.»
– درباره پیشنهاد سرمربیگری دائمی پرسپولیس، او گفت: «هیچ پیشنهادی در این زمینه به من داده نشده است و من نیز علاقه‌ای به این مسئولیت ندارم. علاوه بر این، به هدایت تیم‌های دیگر به عنوان سرمربی نیز تمایلی ندارم. شایعه‌ای مبنی بر پیشنهاد از سوی باشگاه ماشین‌سازی تبریز نیز کاملاً بی‌اساس است و چنین پیشنهادی به من ارائه نشده است.»
این اظهارات کریم باقری نشان می‌دهد که آینده او در پرسپولیس به تصمیمات کادر فنی جدید وابسته است و او آمادگی دارد در صورت عدم تمایل تیم، بدون هیچ مشکلی از پرسپولیس جدا شود.