جواد نکونام در حال حاضر به عنوان سرمربی تیم استقلال، این تیم را در صدر جدول رقابت‌های لیگ برتر نگه داشته است. اگر او بتواند این روند را در سه بازی آینده نیز حفظ کند، همانند امیر قلعه‌نویی و فرهاد مجیدی، به چهره‌ای تبدیل خواهد شد که هم به عنوان بازیکن و هم به عنوان سرمربی، موفق به قهرمانی لیگ با تیم آبی‌پوشان پایتخت شده است.
نکونام در نیمه اردیبهشت سال ۱۳۹۲ به عنوان بازیکن، قهرمانی لیگ دوازدهم را با استقلال جشن گرفت. اما کمتر از ۲۰ روز پس از این اتفاق شیرین، او به دلیل رفتار مدیریت باشگاه با خودش، بسیار عصبانی شد و سخنان تندی را بیان کرد.
سرمربی فعلی استقلال که در آن زمان یکی از بازیکنان کلیدی خط میانی این تیم و همچنین تیم ملی فوتبال ایران بود، در دوم خرداد سال ۱۳۹۲ در مصاحبه‌ای تند، از رفتار مدیران باشگاه استقلال انتقاد کرد. او گفت: «به احترام نام استقلال و هواداران این باشگاه، در طول این چند ماه چیزی نگفتم تا تمرکز تیم به هم نخورد. در روز قهرمانی هم چیزی نگفتم تا شادی هواداران تلخ نشود. اما واقعیت این است که مدیران باشگاه از هفته پنجم رقابت‌های لیگ برتر، هر وقت که به آن‌ها زنگ می‌زنم تا پیگیر مطالباتم باشم، تلفن من را جواب نمی‌دهند. من همه این مدت صبر کردم و چیزی نگفتم، اما رفتارشان اصلاً خوب نیست. به همین دلیل با صراحت می‌گویم که در چنین شرایطی دیگر برای استقلال بازی نخواهم کرد و نمی‌مانم!»
سخنان جواد نکونام باعث شد تا مدیران باشگاه استقلال برای حل مشکل کاپیتان تیم ملی دست به کار شوند و در نهایت او را راضی کردند تا در لیگ سیزدهم نیز پیراهن آبی را بر تن کند. البته به یاد داریم که جواد در میانه لیگ سیزدهم به صورت حرفه‌ای از استقلال جدا شد.